定期的に幹事会を開催し、学会を運営しています。（年３回）
幹事会メンバー（2018年）
- 会長
- 田中秀樹
- 事務局長
- 泰岡顕治
- 編集委員長
- 松林伸幸
- 幹事
- 志賀基之（原子力機構）アンサンブル編集担当
- 古石貴裕（福井大） ホームページ担当, 選挙管理担当（主査）, 夏の学校担当
- 森下徹也（産総研） 討論会担当
- 石山達也（富山大） 学術賞担当（主査）
- 北尾彰朗（東工大） 学術賞担当（補佐）
- 松本充弘（京都大） 書記
- 吉井範行（名古屋大） 分子シミュレーションスクール担当
- 奥村久士（分子研） 分子シミュレーションスクール担当（補佐）
- 斉藤真司（分子研） 学生優秀発表賞担当（主査）
- 三浦伸一（金沢大） 学生優秀発表賞担当（補佐）
- 大鳥範和（新潟大） 監査（主査）
- 森田明弘（東北大） 監査（補佐）
- 小田竜樹（金沢大） 選挙管理担当（補佐）
- 茂本 勇（東レ） 産学連携担当
- 松林伸幸（大阪大）, 杉田有治（理研） 国際連携担当
過去の幹事会