定期的に幹事会を開催し、学会を運営しています。（年３回）
幹事会メンバー（2025年）
- 会長
- 松林伸幸 （大阪大，国際連携担当兼任）
- 事務局長
- 北尾彰朗 （科学大）
- 編集委員長
- 篠田 渉 （岡山大，分子シミュレーションスクール担当兼任（補佐））
- 幹事
- 荒井規允 （慶応大） アンサンブル編集担当
- 玉井良則 （福井大） ホームページ担当，広報WG
- 古石貴裕 （福井大） ホームページ担当，広報WG
- 藤本和士 （関西大） 討論会（第39回）担当
- 石山達也 （富山大） 学術賞担当（主査）
- 鷲津仁志 （兵庫県立大） 学術賞担当（補佐），産学連携担当
- 村島隆浩 （東北大） 書記，広報WG
- 奥村久士 （分子研） 分子シミュレーションスクール担当（主査）
- 芝 隼人 （兵庫県立大） 学生優秀発表賞担当（主査）
- 原田隆平 （筑波大） 学生優秀発表賞担当（補佐），選挙管理担当（補佐）
- 諸星 圭 （旭化成） 監査担当（主査），広報WG，産学連携担当
- 三浦伸一 （金沢大） 監査担当（補佐）
- 光武亜代理（明治大） 選挙管理担当（主査）
- 志賀基之 （原子力機構） 広報WG（主査）
- 樋口祐次 （九州大） 広報WG
- 杉井泰介 （日立製作所） 産学連携担当
- 茂本 勇 （ダイキン工業） 産学連携担当
- 杉田有治 （理研） 国際連携担当
- オブザーバー
- 岡崎圭一 （分子研） 分子シミュレーションスクール担当
- 泰岡顕治 （慶応大） 広報WG