分子シミュレーション討論会でエントリーした学生の中から、優秀な発表を選出しています。
第38回分子シミュレーション討論会
(2024年12月, 姫路)
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手代木 陽介 東京大学
細胞スケールの生命現象の解明に向けた新規粗視化分子動力学法の開発 -
北川 剛健 関西大学
分子動力学計算による燃料電池高分子電解質中のプロトン輸送機構メカニズムの解明 -
三津原 晟弘 名古屋大学
Ab-initio経路積分分子動力学法と動的モンテカルロ法の連携によるPdCu合金中の水素拡散挙動の解析 -
佐藤 克樹 東京理科大学
機械学習と分子動力学計算を組み合わせたタンパク質の高速AFM画像解析 -
坂巻 雄飛 大阪大学
高分子溶融体のシアシニングと分子形状を特徴づける秩序変数の解析 -
大坂 龍司 大阪大学
加水分解酵素の機能制御を目指した共溶媒添加効果の全原子MDによる解析 -
山田 哲平 岡山大学
非対称な脂質分布がもたらす細胞膜の物性と不均一性 -
石渡 悠幹 慶應義塾大学
分子シミュレーションと機械学習を用いた多成分系における自己組織化形態予測 -
關 拓和 北里大学
機械学習を用いた有機半導体の結晶構造予測 -
小松 寿弐千 岡山大学
Martyite層間水の相転移に伴う水素結合構造の変化
第37回分子シミュレーション討論会
(2023年12月, 福井)
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丸山 優星 氏 大阪大学
分子会合キネティクスを効率的に解析する方法論の開発 -
岡田 一志 氏 大阪大学
ペプチド結合主鎖二面角変化の自由エネルギー曲面を特徴付ける反応座標の深層学習による探索 -
下河内 翔太 氏 近畿大学
DNNとMDシミュレーションを組み合わせたモーフィング手法のフォールディングなどへの応用 -
中条 貴裕 氏 近畿大学
体外式膜型人工肺の中空糸膜細孔モデルにおけるPP膜とPMP膜の水分子浸透機構の比較 -
横井 駿 氏明治大学／スタンフォード大学
大規模分子シミュレーションを用いたオレキシン2受容体における活性化メカニズムの計算論的洞察 -
松原 優弥 氏大阪大学
分子膜透過ダイナミクスの理論的解析 -
細木原 薫乃 氏福井大学
ポリスチレンS-I型結晶膜中の気体透過における分子間の競合 -
出口 元貴 氏名古屋工業大学
ボルン有効電荷を再現するGraph NN型ポテンシャルの開発 -
岸本 寛隆 氏慶應義塾大学
GEMC/MD法を用いたメタンハイドレートの三相平衡曲線の導出
第36回分子シミュレーション討論会
(2022年12月, 東京)
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保田 拓範 氏 筑波大学
Enhanced samplingにおける構造妥当性の評価は外部バイアスを適切に制御する -
廣瀬 真由 氏 富山大学
アルコール水溶液表面における分子構造の解明 -
四方 志 氏 大阪大学
高分子官能基に影響を受けた水分子ダイナミクスに関する分類方法の提案 -
古宮 直樹 氏 大阪大学
ガン関連タンパク質MDM2のリガンド結合能に対する共溶媒添加効果 -
大坂 佳弘 氏 岡山大学
ポリマー添加による分子量に応じたコロイド分散系の安定性 -
小清水 初花 氏 早稲田大学
SARS-CoV-2メインプロテアーゼの新規共有結合阻害剤の開発に向けたハイブリッド型in silico創薬 -
今村 駿 氏 慶應義塾大学
分子動力学法によるカーボンナノチューブ内の水分子の構造が熱伝導特性に与える影響 -
柴田 果奈 氏 名古屋大学
分子動力学計算による脂質ナノ粒子を用いた核酸エンドソーム脱出機構の解明
第35回分子シミュレーション討論会
(2021年11月, 岡山)
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平良 碧生 氏 岡山大学
van der Waals 描像による両親媒性分子の溶媒和自由エネルギーの温度・圧力依存性の再現 -
小和口 昌愛 氏 慶應義塾大学
機械学習を用いた効率的なレプリカ交換モンテカルロ法による Lennard-Jones 粒子の相挙動 -
昌山 廉 氏 大阪大学
再帰確率理論を用いたタンパク－リガンド結合過程におけるキネティクスの解析 -
川端 一正 氏 名古屋大学
分子シミュレーションを用いた抗菌ペプチドの膜選択性の解明 -
石合 智貴 氏 慶應義塾大学
グラフニューラルネットワークを用いた深層学習モデルによる結晶及び液体構造の分類 -
辻本 桃子 氏 奈良女子大学
CMD シミュレーションによる Boltzmann 統計下での低温の液体ヘリウム4における量子液体ポリアモルフィズムの発見 -
京田 奈津実 氏 富山大学
高分子表面のからみあい構造に関する分子シミュレーション研究 -
川田 稜 氏 慶應義塾大学
MD-GAN を用いたポリエチレンの拡散予測 -
沖田 和也 氏 大阪大学
エネルギー表示における拡散方程式理論を用いた分子会合過程の記述
第34回分子シミュレーション討論会
(2020年12月, オンライン)
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大隅 理佐 氏 大阪大学
PVAハイドロゲルのMDシミュレーションを用いた分子レベル解析 -
野口 大輝 氏 明治大学
18残基チオエーテル結合環状ペプチドp6,p7のシミュレーションデータの解析 -
近藤 友美 氏 東京大学
改良メタダイナミクス法の考案と高温水中多価アルコール脱水反応機構の解明 -
大多和 克紀 氏 近畿大学
MAO-Bのリガンド結合部位の動力学とPET薬剤の結合自由エネルギー計算 -
宮澤 佳希 氏 東京工業大学
PaCS-MD/MSMを用いたタンパク質‐タンパク質複合体の結合親和性評価 -
弦巻 周平 氏 名古屋大学
薬剤分子のB型肝炎ウイルスへの透過機構の探索
第33回分子シミュレーション討論会
(2019年12月, 名古屋)
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平田 雅典 氏 岡山大学
氷Ih内における大気微量物質の拡散機構 -
仲井 文明 氏 名古屋大学
理想気体中の粒子の短時間ダイナミクス -
清水 陽平 氏 兵庫県立大学
パーシステントホモロジと大規模シミュレーションを組み合わせたポリマーの高次構造の推定 -
新田 孝志 氏 大阪大学
タンパク質の天然構造と熱変性構造の相対安定性に対する塩効果のMD解析 -
岡田 清志郎 氏 慶應義塾大学
散逸粒子動力学法に用いる新規乱数生成手法の提案と検証 -
友重 直也 氏 大阪大学
高分子ガラスのボゾンピーク：粗視化分子動力学シミュレーションによる起源解明 -
上原 周一 氏 東北大学
環動高分子材料の粗視化モデリング手法の開発と破壊プロセスの解明 -
森 勇介 氏 大阪大学
複雑な分子系の自由エネルギーを特徴づける反応座標の探索：コミッターと最尤推定法の融合
第32回分子シミュレーション討論会
(2018年11月, つくば)
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水田 圭亮 氏 大阪大学 大学院基礎工学研究科
溶媒中ナノ粒子の流体力学挙動と溶媒和構造：物理化学と流体力学の融合による横断的解析 -
岡田 千果 氏 早稲田大学 先進理工学部化学・生命化学科
バクテリオロドプシンの長距離プロトン移動過程に対するDC-DFTB-MDシミュレーション -
小野 貴憲 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
PEG修飾脂質が膜物性に与える影響：粗視化分子シミュレーション -
舟橋 康佑 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
Amphotericin Bチャネルの構造安定性と疎水性ミスマッチによるチャネル間相互作用解析 -
髙田 健太郎 氏 関西大学 大学院理工学研究科
階層構造を有するセルロースナノファイバーの機械的性質に関する分子動力学解析 -
山本 直樹 氏 大阪大学 大学院基礎工学研究科
溶媒効果を取り入れた結晶界面への分子吸着の解析 -
飯島 美来 氏 早稲田大学 先進理工学研究科
誘電アロステリーによるシトクロムP450還元酵素の酸化還元状態と構造状態のカップリング -
保田 侑亮 氏 東京大学 大学院新領域創成科学研究科
全原子分子動力学法を用いたポリロタキサンの分子ダイナミクス観測 -
満田 祐樹 氏 大阪大学 理学研究科
自由エネルギー反応経路探索法を利用したアラニンヘキサペプチドの自由エネルギー反応経路ネットワーク計算
第31回分子シミュレーション討論会
(2017年11月, 金沢)
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徳永 好彦 氏 大阪大学 大学院基礎工学研究科
蛋白質の天然構造と熱変性構造の安定性に関する相互作用成分解析 -
杉澤 宏樹 氏 金沢大学 大学院自然科学研究科
変分経路積分分子動力学法を用いたプロトン化水クラスターの量子構造ゆらぎに関する研究 -
岸中 翔 氏 富山大学 大学院理工学教育部
アクリレートポリマー/水界面における水の水素結合構造 -
八十島 亘宏 氏 富山大学 大学院理工学教育部
固体高分子中で形成される水構造と振動スペクトルの解析 -
大平 健太郎 氏 鳥取大学 大学院工学研究科
データ科学と大規模電子状態計算による有機高分子探索 -
Yudha Arman 氏 金沢大学 大学院自然科学研究科
Molecular Dynamics Study of Filled Ice Ic and II -
阿由葉 翔 氏 慶應義塾大学 大学院理工学研究科
大規模分子動力学法を用いた低過飽和度条件における液滴均一核生成の自由エネルギー解析 -
山口 陽平 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
pg-RNAを内包したB型肝炎ウイルスの全原子分子動力学シミュレーション -
山田 忠明 氏 福井大学 大学院工学研究科
ポリプロピレンの力学的破壊に関する分子シミュレーション -
河本 奈々 氏 早稲田大学 先進理工学部
分割統治型励起状態密度汎関数強束縛法を用いた光活性イエロータンパク質に関する理論的研究 -
菊辻 卓真 氏 大阪大学 大学院 基礎工学研究科
過冷却水中の水素結合が形成するネットワーク構造と破断プロセスの関係
第30回分子シミュレーション討論会
(2016年12月, 大阪)
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中川 恒 氏 東京大学 物性研究所
分子シミュレーションにおける三体ポテンシャルを含んだ系の局所応力テンソルの非一意性 -
森 穂高 氏 デンソー, 大阪大学 大学院基礎工学研究科
分子動力学シミュレーションによるナノ空間におけるエポキシ樹脂の充填挙動の解析 -
清水 洸佑 氏 福井大学 大学院工学研究科
高分子結晶膜のCO2分離性能を単結晶モデルと表面を含むモデルで見る -
黒木 菜保子 氏 お茶の水女子大学 大学院人間文化創成科学研究科
[C2mim]BF4イオン液体中で生成するCo(II)(OH2)4錯体周辺の溶媒和構造とソルバトクロミズムに関する理論的研究 -
佐々木 徹 氏 早稲田大学 先進理工学研究科
疎水表面付近における水の誘電率低下の分子描像 -
宮﨑 裕介 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
分子動力学法を用いた脂質膜における細孔形成過程の自由エネルギー解析 -
鈴岡 大樹 氏 東北大学 大学院理学研究科
QM/MM-ER法による光化学系IIのMnクラスターにおける一電子酸化反応の自由エネルギー解析
第29回分子シミュレーション討論会
(2015年12月, 新潟)
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塚本 修一朗 氏 名古屋大学 大学院理学研究科
拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションによるアイソザイム選択的ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤の選択性の解明 -
馬島 彬 氏 徳島大学 大学院ヘルスバイオサイエンス研究部
分子科学計算を用いた自由エネルギー変化の線形則に基づくトリプシンの触媒反応メカニズムの詳細解析 -
畑中 佑太 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
溶媒和イオン液体のイオン性の解析 -
吉川 信明 氏 東北大学 大学院理学研究科
界面構造の座標化による油水界面のイオン輸送の解析、及び、拡張系の方法を用いた電位差一定のアンサンブルの実現
第28回分子シミュレーション討論会
(2014年11月, 仙台)
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吉川 信明 氏 東北大学 大学院理学研究科
二次元自由エネルギー曲面を用いた液液界面におけるイオン輸送の解析 -
海野 悟 氏 東北大学 大学院理学研究科
交換ホール関数に基づくQM/MM法における交換反発ポテンシャルの計算 -
浦野 諒 氏 名古屋大学 大学院理学研究科
決定論的レプリカ交換法とその生体分子のフォールディングシミュレーションへの適用例 -
鈴木 雄一 氏 名古屋大学 大学院情報科学研究科
芳香族ポリアミド膜合成のアトミスティックシミュレーション：界面重合反応過程における単量体混合比率の膜構造への影響
3rd International Conference on Molecular Simulation（ICMS2013）
(November, 2013, Kobe)
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中村 慎 氏 金沢大学 大学院自然科学研究科
Development of Ab-initio Mean-force Dynamics Using a Logarithmic Energy Landscape for Constructing Free-Energy Profiles -
緒方 勇大 氏 横浜市立大学 大学院生命ナノシステム科学研究科
Nuclear quantum effect on OH−(H2O)2 with ab initio path integral molecular dynamics -
小室 靖明 氏 中央大学・理化学研究所
MD simulations of ATP/ADP bound form of Ca2+-ATPase using improved polyphosphate parameters of the CHARMM force field -
Adnan Hamid 氏 京都大学 大学院工学研究科
Microstructure Analysis of Sedimenting Particles -
望月 建爾 氏 総合研究大学院大学
A study for homogeneous melting dynamics of a high pressure polymorph of ice: ice VI
第26回分子シミュレーション討論会
(2012年11月, 福岡)
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正尾 裕輔 氏 京都大学 大学院工学研究科
LD-BTE 計算によるフォノン物性および熱伝導のシミュレーション -
望月 健爾 氏 総合研究大学院大学
Basin-Hopping 法とRigid Body 法を組み合わせた生体分子のリガンド結合自由エネルギー計算法の開発とAldose Reductase への応用 -
山内 隆義 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
影響汎関数理論を用いた銅基板表面上に吸着されたセシウム原子のフォノンモードの振動緩和の研究 -
山守 優 氏 東京大学 分子細胞生物学研究所
MuSTAR MD : Temperature Accelerated MD とReplica 交換法を用いたMulti Scale サンプリング手法の開発
第25回分子シミュレーション討論会
(2011年12月, 東京)
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平塚 将起 氏 慶應義塾大学 大学院機械工学科
アルコールハイドレートの第一原理分子動力学シミュレーション -
大野 公子 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
平均力を用いた二次元モデル化シミュレーションによるPOPC二重層膜中でのコレステロール側方配置の研究 -
樋本 和大 氏 岡山大学 大学院自然科学研究科
プラスチック氷の構造と水素結合ネットワーク -
坂牧 隆司 氏 慶應義塾大学 大学院理工学研究科
Direct Coexistence 法を用いた固液または気液平衡の分子シミュレーション -
弥永 健太 氏 京都大学 大学院工学研究科
微小液滴の蒸発に関するハイブリッドシミュレーション -
佐藤 竜馬 氏 名古屋大学 大学院理学研究科
青色光受容体蛋白質のDNA光補修反応メカニズムの理論的研究 -
岩岡 伸之 氏 慶應義塾大学 理工学部 物理学科
孤立デンドリマーの緩和
第24回分子シミュレーション討論会
(2010年11月, 福井)
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佐藤 昴人 氏 早稲田大学 理工学術院 先進理工学研究科
ミオシン周囲の溶媒のアロステリック応答 -
川本 周平 氏 金沢大学 自然科学研究科
膜透過ペプチドの脂質二重膜透過における自由エネルギー障害 -
伊藤 太一 氏 名古屋大学 大学院工学研究科
DPPC脂質二重層膜における水分子の膜透過自由エネルギーの経路依存性 -
原田 隆平 氏 東京大学 大学院理学系研究科 物理学専攻
マルチスケールシミュレーションで探る生体分子の自由エネルギー地形 -
野口 威照 氏 山口大学 大学院理工学研究科
散逸粒子動力学法によるベシルク変形のダイナミクス -
藤本 和士 氏 名古屋大学 工学研究科
メタンのSDSミセルへの可溶化自由エネルギープロフィール計算
第23回分子シミュレーション討論会
(2009年12月, 名古屋)
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金子 敏宏 氏 慶應義塾大学 大学院理工学研究科 開放環境科学専攻
Isobaric-Multithermalアンサンブルによるスリット細孔に閉じ込められたLennard-Jones粒子の固液相転移の解明 -
森 義治 氏 名古屋大学 大学院理学研究科 物質理学専攻
レプリカ交換分子動力学法における適切なスケーリング法 -
桜庭 俊 氏 東京大学 分子細胞生物学研究所 創生研究分野
独立部分空間分析によるタンパク質集団運動の解析 -
塚本 貴志 氏 豊橋技術科学大学 知識情報工学科
量子輸送理論に基づく金電極間の人工核酸塩基を含むDNA二重鎖の電気伝導特性の解析 -
石崎 麻利央 氏 岡山大学 大学院自然科学研究科
Lennard-Jones混合溶液の疎溶媒効果 -
水口 朋子 氏 九州大学 大学院理学府 物理学専攻
２次元単成分単純液体のガラス転移とポリアモルフィズム
第22回分子シミュレーション討論会
(2008年11月, 岡山)
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伊藤 篤史 氏 名古屋大学 大学院理学研究科 物理学専攻
水素原子スパッタリングのグラファイト表面 -
近藤 寛子 氏 東京大学 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
Investigation of Domain Motions in Proteins by Molecular Dynamics Simulations -
緒方 祐介 氏 山口大学 大学院理工学研究科 自然科学基盤系学域
生体膜上における脂質ドメインの融合・分裂ダイナミクス -
竹中 奨 氏 大阪府立大学 大学院工学研究科 機械系専攻
MDとLBMによるマイクロ多孔体内流れのシミュレーション -
渡辺 宙志 氏 名古屋大学 大学院理学研究科 物理学専攻
バクテリオロドプシンのO 中間体の構造モデリング -
湊谷 圭祐 氏 慶應義塾大学 大学院理工学研究科 開放環境科学専攻
ギブスアンサンブルモンテカルロ法を用いたメタンハイドレート/メタンガスの二相平衡シミュレーション
第21回分子シミュレーション討論会
(2007年11月, 金沢)
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坂牧 隆司 氏 慶應義塾大学 大学院理工学研究科 開放環境科学専攻
ビデオゲーム用ハードウエアを用いた高速分子動力学シミュレーション -
中本 淳嗣 氏 金沢大学 大学院自然科学研究科
二成分密度汎関数法による固体中陽電子寿命の計算 -
辻川 雅人 氏 金沢大学 大学院自然科学研究科
白金表面上に担持された鉄鎖の電子状態と磁気異方性 -
高柳 昌芳 氏 名古屋大学 大学院情報科学研究科
光解離MbCOにおけるグロビン部内余剰振動エネルギー緩和経路の理論的研究 -
太田 憲良 氏 金沢大学 大学院自然科学研究科
ジャングルジム型ゲルのブラウニアンダイナミクスシミュレーションによる解析 -
高岩 大輔 氏 岡山大学 大学院自然科学研究科
準一次元系における水の構造と相挙動